【さくらvps】ibdata1 is of a different size でmysqlが起動できない

mysql をインストールしていない状態から mysql5.6 をインストールする場合はこちらを参考にする

mysql を 5.1 から 5.6 に update した際、 mysql が起動できなくなった。

起動に失敗
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/etc/init.d/mysqld start
MySQL Daemon failed to start.
Starting mysqld: [FAILED]
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cat /var/log/mysqld.log

エラーログの内容
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[ERROR] InnoDB: auto-extending data file ./ibdata1 is of a different size 640 pages (rounded down to MB) than specified in the .cnf file: initial 768 pages, max 0 (relevant if non-zero) pages!
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これは設定変更後 ibdata1 のファイルサイズが違うため起きるエラーのよう。なので ibdata1 関連のファイルを削除する

my.cnf でデータの保存先を確認
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cat /etc/my.cnf
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my.cnf で確認したデータのある場所
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datadir=/var/lib/mysql
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データのある mysql ディレクトリに移動し、問題のファイルがあることを確認
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cd /var/lib/mysql
ls
ib_logfile0 ib_logfile1 ibdata1 mysql
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すべて削除
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rm -rf ib_logfile0
rm -rf ib_logfile1
rm -rf ibdata1
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再起動できた
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/etc/init.d/mysql start
Starting mysqld: [ OK ]
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ファイル削除の参考my.cnfでinnodb関連の設定後、MySQLが起動しなくなった

しかし新たなるエラーが発生

エラーログの内容
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[ERROR] Missing system table mysql.proxies_priv; please run mysql_upgrade to create it
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このあとにもたくさんのエラーが続く

please run mysql_upgrade to create it という内容なので update を実行

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mysql_upgrade -u root -p
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エラーが出なくなった